2009年11月23日，民政部审批准予“中科院研究生教育基金会”设立登记（民函〔2009〕301号），核发了基金会法人登记证书（基证字第1068号）。2009年12月17日，国家质检总局核发了组织机构代码证（50002159-6）。待批准开设银行账户后，中科院研究生教育基金会即可正式开始运作。
早在2007年12月7日，中国科学院院长办公会议审议并同意由中国科学院研究生院发起设立“中国科学院研究生院教育基金会”，后经民政部审核，名称改为“中科院研究生教育基金会”。该基金会是由中国科学院作为业务主管的全国性非公募基金会，致力于加强中国科学院研究生院与国内外各界的联系和合作，促进中国科学院研究生教育事业的改革与创新，推动我国教育事业的发展。基金会原始基金 1亿元人民币，来源于中国科学院下属国有资产经营有限责任公司上缴的投资收益。
经由业务主管单位、捐赠人、发起人等分别提名协商，邀请全国人大常委会副委员长、中国科学院院长路甬祥院士担任基金会名誉会长，邀请中国科学院常务副院长兼中国科学院研究生院院长白春礼院士担任基金会名誉理事长，确定第一届理事会理事由郭传杰、邓麦村、柳传志、邓勇、刘毅、杨星科、康乐、李云玲、马扬、李和风、孔力、苗建明、马石庄、王艳芬、朱相彬、赵力、张学成等17人组成，选派徐中平为第一届理事会监事。
近日，基金会召开第一届理事会第一次会议，简要回顾了基金会筹备情况；审议通过了《中科院研究生教育基金会章程》；审议通过了第一届理事会理事、监事名单；选举郭传杰为理事长、法定代表人，选举邓麦村、柳传志、邓勇、苗建明等4人为副理事长，苗建明兼任秘书长；会议还讨论了近期工作要点。
据了解，截至目前由国家民政部核准登记设立的大学教育基金会共有八所，包括：北京大学教育基金会、清华大学教育基金会、浙江大学教育基金会、张学良教育基金会（东北大学）、北京航空航天大学教育基金会、传媒大学教育基金会、中国农业大学教育基金会和中科院研究生教育基金会。此外，上海交通大学教育发展基金会、复旦大学教育发展基金会是在上海市民政局登记设立，南京大学教育发展基金会是在江苏省民政厅登记设立，西安交通大学教育基金会是在陕西省民政厅登记设立，哈尔滨工业大学教育发展基金会刚于2009年12月7日由黑龙江省民政厅批准登记成立。教育基金会已经成为促进大学教育发展的重要平台。
