中科院研究生教育基金会自2009年成立以来，接受和管理社会各界为中国科学院大学提供的各类捐赠，致力于加强中国科学院与国内外各界的联系和合作。
2014年中国科学院大学招收第一批本科生，基金会为了更好地推动中国科学院大学教育事业的发展，开创基金会发展新局面，基金会向民政部申请将“中科院研究生教育基金会”的名称变更为“中国科学院大学教育基金会”。
2015年2月9日，中华人民共和国民政部正式批复同意我基金会更名为中国科学院大学教育基金会。
